U svakom je političkom sustavu branio slobodu i nadnaravno podrijetlo Katoličke crkve. Kada zbog vjernosti savjesti nije dopustio da Crkva postane ropkinjom komunističke ideologije, te da se odcjepljenjem od Rima stvori tzv. "Hrvatska nacionalna crkva", montiran mu je politički proces na kojem ga je komunistički sud 11. listopada 1946. osudio na 16 godina robije. Hrvatski Sabor je 14. veljače 1992. poništio sudsku presudu i osudio politički sudski postupak protiv Zagrebačkog nadbiskupa Alojzija Stepinca. Za njegovu hrabrost i svjedočko trpljenje Papa Pio XII. uvrstio ga je 12. siječnja 1953. u Zbor kardinala.